高等院校物流管理专业的课程设置主要侧重培养具备物流管理、规划、设计等较强实务运作能力的高级现代物流管理人才。教学计划中设置必修课、选修课、实验和实践环节。
专业必修课一般在第三、第四学年开设，有仓储管理、配送与配送中心、供应链与物流管理、物流信息管理、物流成本管理、企业物流管理等十几门课程；专业选修课包括与物流管理相关的一些课程，有国际物流、电子商务、国际贸易、物流规划、采购学、企业战略、宏观经济学等课程。
“物流工程”是物流和物流系统向软硬科学相结合的工程模式进行转变的新的学科。这个专业是以系统工程的方法对各种物流系统，包括制造物流系统、商业物流系统、社会物流系统等，进行规划、分析、优化和评价，以及对物流信息系统进行建设，对新的物流管理技术和设备进行开发和应用。
“物流工程”主要专业基础课和专业课包括管理学基础、运筹学、系统工程、技术经济学、物流学基础、物流市场、货物运输与配送、仓储管理与仓储技术、交通运输网络规划、企业物流管理、物流企业管理、物流信息技术、财务管理、供应链管理、物流方案策划与设计等。
从专业方向来看，物流管理专业的毕业生将获得管理学或经济学学士学位，适宜到国家和省市各级经济管理部门、内外贸公司、工商企业以及物流中心从事物流和与之相关的运输、仓储、物流管理工作，也可到相关部门从事教学科研等工作。物流工程专业的毕业学生将获得工学学位，可以从事物流企业经营与管理、物流系统规划与设计等。